Autor: Florencia Rocca

Cupriavidus

Limitada experiencia en el género.

Fenotípicamente similar a Ralstonia sp. Las especies del género que causan enfermedad en el humano han sido aisladas, en su gran mayoría,  de cultivos de esputo en pacientes fibroquísticos y bacteremia asociada a catéter Web Sphere.

 

Se recomienda aplicar los criterios recomendados por el fabricante:

SCORE ≥ 2,0 =  identificación a nivel de especie

SCORE 1,7-1,99 = identificación a nivel de género

SCORE < 1,7 = no identifica

 

Tabla 41 3ds max 2020. Traducción para especies de Cupriavidus spp. aisladas de muestras clínicas.

Especie Presencia en BD Nro de MSPs en BD
C 영화 베테랑. gilardii SI 2
C. metallidurans SI 4
C 스포츠. necator SI 7
C. pauculus SI 7
C 카바네리. respiraculi SI 2
C. taiwanensis NO  

 

Referencias:

  • D’Inzeo T, Santangelo R, Fiori B, De Angelis G, Conte V, Giaquinto A, Palucci I, Scoppettuolo G, Di Florio V, Giani T, Sanguinetti M, Rossolini GM, Spanu T 록맨x4 한글판 다운로드. Catheter-related bacteremia by Cupriavidus metallidurans. Diagn Microbiol Infect Dis 2015;81(1):9-12. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2014.09.015.
  • Ford BA, Burnham CA Download rpg maker. Optimization of Routine Identification of Clinically Relevant Gram-Negative Bacteria by Use of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry and the Bruker Biotyper 예뻐졌다. J Clin Microbiol 2013;51(5):1412-20. doi: 10.1128/JCM.01803-12.
  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW gx works 다운로드. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015. doi: 10.1128/9781555817381.
  • SITIO WEB: www 케이크 몬스터.bacterio.net
  • Vandamme P, Coenye T. Taxonomy of the genus Cupriavidus: a tale of lost and found. Int J Syst Evol Microbiol 2004;54(6):2285-2289. doi: 10.1099/ijs.0.63247-0.

Corynebacterium

Se han aceptado  valores de score para una identificación confiable:

SCORE >1,7 =  identificación a nivel de especie

SCORE 1,5-1,69 = identificación a nivel de género

SCORE <1,5 = no identifica

 

Las especies lipofílicas pueden arrojar scores más bajos. El agregado de 1μl de ácido fórmico puede mejorar la identificación (valores de score).

Suele no identificar C. pyruviciproducens a pesar de existir un MSP de referencia en la BD comercial para esta especie.

 

MALDI-TOF identifica correctamente C. mucifaciens, C. kroppenstedtii y C. tuberculostearicum.

La metodología recomendada para la completa identificación de la mayoría de las especies corineiformes es la secuenciación del gen rpoB.

 

Importante: C. diphtheriae, C. ulcerans y C. pseudotuberculosis deben ser derivados al Servicio de  Bacteriología Clínica del INEI-ANLIS “Dr. Carlos G. Malbrán” para la búsqueda de toxinas mediante PCR.

 

Tabla 39. Limitaciones en la identificación para especies de Corynebacterium spp 4영리 다운로드.

ID por MALDI-TOF Posibles errores en la ID Confirmación Informar
 

C. aurimucosum

 No discrimina

C. aurimucosum /

C. minutissimum

 Fenotipia: DNAsa, Hipurato, Tirosina

 

Secuenciación rpoB

 Si colonia cremosa, DNAsa -, Hipu +, Tirosina -: C. aurimucosum  (confirmar con secuenciación)
 

C. minutissimum

 No discrimina

C aurimucosum /

C.minutissimum/

C. singulare /

C amycolatum

 Fenotipia: DNAsa, Hipurato, Tirosina

 

Secuenciación rpoB

 Si colonia pequeña seca, DNAsa +tardía, Hip-, Tirosina +: C. minutissimum (confirmar con secueciacion)
C. pseudodiphteriticum

 

 No discrimina

C 레고 마인드스톰 다운로드. pseudodiphteriticum / C. propinquum

  Urea +

Secuenciación rpoB

 Si urea +, no se puede diferenciar con C. propinquum: informar según rpoB
 

C. propinquum

 No discrimina

C. pseudodiphteriticum / C. propinquum

 Urea -/+

Secuenciación rpoB

 Si urea –, informar como C. propinquum
C. striatum Puede confundir  con

C. simulans

 CAMP, Etilenglicol

 

Secuenciación rpoB

 Si CAMP+, informar C. striatum. Si CAMP-, etilenglicol +: informar C. striatum
C. simulans Puede confundir con

 C Download the gba game. striatum

CAMP, Etilenglicol

 

Secuenciación rpoB

 Si CAMP-, Etilenglicol –: informar C. simulans
C.coyleae Puede confundir con

 C. afermentans

LAP

Secuenciación rpoB

 LAP+: informar como C. coyleae
C. amycolatum Puede confundir con

C. aurimucosum o

C. minutissimum

 Fenotipia: aspecto colonia, NO3, urea, tributirina

 

Secuenciacion rpoB

 Si colonica seca, cerosa NO3+, urea +, tributirina +: informar como C. amycolatum. Si dichas pruebas son – completar fenotipia y secuenciación.

Las siguientes especies no se encuentran representadas en la base de datos comercial:

  • C 홈앤쇼핑. aquatimens
  • C. atypicum
  • C. lowii 
  • C. masiliense
  • C. oculi
  • C. pilbarense
  • C. sputi
  • C. timonense

 

Especies generalmente multiresistentes:

  • C. afermentans ss afermentans
  • C. amycolatum
  • C. aurimucosum
  • C. confusum
  • C. coyleae
  • C. glucuronolyticum
  • C. jeikeium
  • C. macginleyi
  • C. minutissimum
  • C. propinquum
  • C. pseudodiphtheriticum
  • C. resistens
  • C. striatum
  • C. tuberculostearicum
  • C Download the swing browser file. urealyticum
  • C. ureicelerivorans

 

 

Tabla 40. Marcadores fenotípicos para diferenciación de especies con alta similitud en el gen 16S ARNr.

Especies con alta similitud 16S ARNr Marcadores fenotípicos Confirmación
C. afermentans

C. coyleae

C. mucifaciens

C. afermentans sb afermentans: metabolismo fermentativo, CAMP V

C. coyleae: metabolismo oxidativo, CAMP +

C. mucifaciens: colonias mucoides amarillas

 

 rpoB
C. aurimucosum

C. minutissimum

C. singulare

 C. aurimucosum: colonias amarillas, algunas socaban agar, algunas pigmento gris-negro

C bm98 다운로드. minutissimum: tirosina +, Urea –

C. singulare: tirosina +, Urea +

 rpoB
C. propinquum

C.pseudodiphtheriticum

 C. pseudodiphteriticum: Urea –

C. propinquum: Urea +

 rpoB
C. sundsvallense

C. thomssenii

 Fenotípicamente indistinguibles rpoB
C. ulcerans

C. pseudotuberculosis

 Ambos CAMP reverso +

C. ulcerans: O129 sensible

C. pseudotuberculosis: O129 resistente

Pueden tener toxina diphtherica +

 rpoB
C 안드로이드 터치. xerosis

C. hansenii

C. freneyi

 C. xerosis: PAL +, α-glu V, desarrollo 20ºC -, Ferm Glu 42C –

C. hansenii: PAL –

C. freneyi:  PAL +, α-glu +, Desarrollo 20ºC +, Ferm Glu 42C +

 rpoB parcial no discrimina
C. ureicelerivorans

C. mucifaciens

 

 C. ureicelerivorans: urea Rápida, colonia lisa

C. mucifaciens: urea -, colonia mucoide amarilla

 rpoB parcial no discrimina

 

Se recomienda consultar el Anexo para la identificación microbiológica mediante pruebas fenotípicas adicionales.

 

Referencias:

  • Alatoom AA, Cazanave CJ, Cunningham SA, Ihde SM, Patel R KakaoTalk Plus Friend pc version. Identification of Non-diphtheriae Corynebacterium by Use of Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry. J Clin Microbiol 2012;50(1):160 –163. doi:  10.1128/JCM.05889-11.
  • Aravena-Roman M, Spröer C, Sträubler B, Inglis T, Yassin AF. Corynebacterium pilbarense sp. nov., a non-lipophilic corynebacterium isolated from a human ankle aspirate. Int J Syst Evol Microbiol 2010;60(7):1484-1487. doi: 10.1099/ijs.0.015966-0.
  • Barberis C, Almuzara M, Join-Lambert O, Ramırez MS, Famiglietti A, Vay C. Comparison of the Bruker MALDI-TOF mass spectrometry system and conventional phenotypic methods for identification of Gram-positive rods. PLoS One 2014;9(9):e106303. doi: 10.1371/journal.pone.0106303.
  • Bernard KA, Pacheco AL, Loomer C, Burdz T, Wiebe D, Huynh C, Kaplen B, Olson AB, Cnockaert M, Eguchi H, Kuwahara T, Nakayama-Imaohji H, Shiota H, Boudewijns M, Van Hoecke F, Vandamme P adf.ly. Corynebacterium lowii sp. nov. and Corynebacterium oculi sp. nov., derived from human clinical disease and an emended description of Corynebacterium mastitidis Int J Syst Evol Microbiol 2016;66(8):2803-2812. doi: 10.1099/ijsem.0.001059.
  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015. doi: 10.1128/9781555817381.
  • Merhej V, Falsen E, Raoult D, Roux V. Corynebacterium timonense sp. nov. and Corynebacterium massiliense sp. nov., isolated from human blood and human articular hip fluid. Int J Syst Evol Microbiol 2009;59(8):1953-1959.  doi: 10.1099/ijs.0.005827-0.
  • SITIO WEB: www.bacterio.net
  • Vila J, Juiz P, Salas C, Almela M, García de la Fuente C, Zboromyrska Y, Navas J, Bosch J, Agüero J, Puig de la Bellacasa J, Martínez-Martínez L Screen mirroring. Identification of Clinically Relevant Corynebacterium spp., Arcanobacterium haemolyticum, and Rhodococcus equi by MatrixAssisted Laser Desorption Ionization–Time of Flight Mass Spectrometry. J Clin Microbiol 2012; 1745-1747. doi:10.1128/JCM.05821-11.
  • Yassin AF, Siering C. Corynebacterium sputi sp. nov., isolated from the sputum of a patient with pneumonia. Int J Syst Evol Microbiol 2008;58(12):2876-2879. doi: 10.1099/ijs.0.2008/000414-0.

 

 

Comamonas

Las especies del género raramente causan enfermedad en el humano; entre ellas la más frecuente es C. testosteroni descripta en endocarditis, meningitis y bacteremia asociada a catéter 지정생존자.

Se recomienda aplicar los criterios recomendados por el fabricante:

SCORE ≥ 2,0 =  identificación a nivel de especie

SCORE 1,7-1,99 = identificación a nivel de género

SCORE < 1,7 = no identifica

 

En el caso de C 영화 이그잼. kerstersii se acepta informar a nivel de especie con valor de score >1,7.

De  no alcanzarse la divergencia del 10% entre las especies, se podrán utilizar la secuenciación del gen 16S ARNr y las pruebas fenotípicas diferenciales (Ver Anexo) mssql jdbc 다운로드.

 

Referencias:

  • Almuzara M, Barberis C, Traglia G, Famiglietti A, Ramirez MS, Vay C. Evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry for species identification of Nonfermenting Gram-Negative Bacilli centos 6.9 iso 다운로드. J Microbiol Methods 2015;112:24–27.  doi: 10.1016/j.mimet.2015.03.004.
  • Almuzara M, Barberis C, Veiga F, Bakai R, Cittadini R, Vera Ocampo C, Alonso Serena M, Cohen E, Ramirez MS, Famiglietti A, Stecher D, del Castillo M, Vay C 구매확인서 양식 다운로드. Unusual presentations of Comamonas kerstersii New Microbes New Infect 2017;19:91-95. doi:  10.1016/j.nmni.2017.07.003.
  • Wauters G, De Baere T, Willems A, Falsen E, Vaneechoutte M 자연의소리. Description of Comamonas aquatica comb. nov. and Comamonas kerstersii sp. nov. for two subgroups of Comamonas terrigena and emended description of Comamonas terrigena rusty lake hotel 다운로드. Int J Syst Evol Microbiol 2003;53,859–862. doi 10.1099/ijs.0.02450-0.

Clostridium

El género comprende más de 200 especies anaeróbicas, ocasionalmente aerotolerantes; sin embargo el número de clostridios clínicamente relevantes en infecciones humanas es reducido.

 

Se recomienda aplicar los criterios recomendados por el fabricante:

SCORE ≥ 2,0 =  identificación a nivel de especie

SCORE 1,7-1,99 = identificación a nivel de género

SCORE < 1,7 = no identifica

 

Se debe trabajar con cultivos frescos, ya que la esporulación afecta directamente la calidad del espectro.

En valores de score más bajos, MALDI-TOF puede identificar erróneamente algunas especies. En estos casos, para mejorar la calidad del espectro obtenido, realizar la técnica de extracción en tubo con etanol/ ácido fórmico recomendada por el fabricante.

 

Clostridium argentinense no está representado en la base de datos comercial, por lo que MALDI-TOF puede identificarlo como Clostridium subterminale Download the mini-guidebook for overseas travel.

Se deberá completar la diferenciación mediante secuenciación del gen 16S ARNr.

 

Es importante confirmar especie para C. septicum (asociado a neoplasias gastrointestinales), C. perfringens, C. ramosum, C. innocuum, y  C. clostridioforme, generalmente resistentes a antibióticos (Ver Tabla 37 a continuación).

 

Tabla 37. Caracteristicas fenotipicas adicionales.

 

 

Especie

 Gelatinasa Esculina Lecitinasa Digestion de Leche DNAsa Sacarosa Manitol  

 

Comentarios
C. septicum + + – + + – ND Presenta swarming, es un bacilo filamentoso, con espora subterminal, sacarolitico, proteolítico Download File City.
C. perfringens + V + – ND ND ND Sacarolitico, proteolítico, doble zona de beta hemolisis alrededor de las colonias, raramente esporas.
C. innocuum – + – – ND ND + C. innocuum es sacarolitico, no proteolítico, prolina aminopeptidasa negativa. Espora terminal dificl de encontrar, estructura interna de mosaico, inmóvil.
C. ramosum – + – – ND ND + Colonias con bordes irregulares, gram variable, espora terminal oval, inmóvil Download Lineage 2. Es sacarolitico, no proteolítico.
C. clostridioforme ND ND ND ND ND ND ND Lactosa positiva y  b-NAG negativa.

Símbolos: V, variable; ND, no determinado.

 

 

 

 

Tabla 38. Traducción para especies del género Clostridium spp. con significancia clínica.

Especie Presencia en Biotyper

 

 Presencia en Biotyper + RENAEM Nro de MSPs en BD Informar /

Comentario
C. bifermentans SI SI 6  
C download emgu cv. botulinum NO SI   C. botulinum
C. cadaveris SI SI 4  
C. difficile SI SI 10 C. difficile
C. novyi SI SI 2  
C 코난 모바일. perfringens SI SI 9 C. perfringens
C. putrificans NO NO    
C. septicum SI SI 4  
C. sordellii SI SI 2 C. sordellii
C 거래명세서 다운로드. sporogenes SI SI 7  
C. baratii SI SI 2  
C. bolteae SI SI 1 Grupo Clostridium clostridioforme
C. butyricum SI SI 5 C. butyricum
C notosanscjkkr 웹폰트 다운로드. carnis SI SI 1 Crecimiento aeróbico
C. clostridioforme SI SI 5 Grupo Clostridium clostridioforme
C. glycolicum SI SI 4  
C. hathewayi SI SI 4 Grupo Clostridium clostridioforme
C Windows now download the tool. indolis SI SI 1  
C. innocuum SI SI 5  
C. paraputrificum SI SI 5 C. paraputrificum
C. ramosum SI SI 8  
C 삼국지11pk 리마스터. sphenoides SI SI 4  
C. symbiosum SI SI 2  
C. tertium SI SI 6 Crecimiento aeróbico
C. argentinense NO SI 1 C. argentinense
C Download opengl 4.5. hastiforme NO NO    
C. histolyticum SI SI 5 Crecimiento aeróbico
C. limosum SI SI 5  
C. subterminale SI SI 3 Clostridium sp.

Confirmar con 16S ARNr.
C. tetani SI SI 4  

 

Referencias:

  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015. doi: 10.1128/9781555817381.
  • Zárate MS, Romano V, Nievas J, Smayevsky J. Utilidad de la espectrometría de masas MALDI-TOF en la identificación de bacterias anaerobias. Rev Argent Microbiol 2014;46(2):98-102. doi: 10.1016/S0325-7541(14)70055-0.

 

 

 

Citrobacter

Se recomienda aplicar los criterios recomendados por el fabricante:

SCORE ≥ 2,0 =  identificación a nivel de especie

SCORE 1,7-1,99 = identificación a nivel de género

SCORE < 1,7 = no identifica

MALDI-TOF identifica correctamente a nivel de especie Citrobacter koseri, pero no logra la diferenciación de Citrobacter amalonaticus y Citrobacter farmeri, pudiéndose llegar a la completa identificación mediante las siguientes pruebas fenotípicas:

Citrobacter amalonaticus: sacarosa y melibiosa negativas 헷지 톡.

Citrobacter farmeri: sacarosa y melibiosa positivas.

 

Informar Complejo Citrobacter freundii que incluye las especies: C Download Nausica in the Wind Valley. freundii, C. braakii, C. youngae, C. guillernii, C. rodentium, C. sedlackii, C. werkmanii y C. murliniae.

 

Tabla 36 Download windows 10 education. Traducción para especies del género Citrobacter spp.

Especie Presencia en BD Nro de MSPs en BD Informar
C 인텔 그래픽 제어판. amalonaticus SI 6 Diferenciar de C. farmeri

(sacarosa y melibiosa: +)
C Download the Kaist software. braakii SI 2 Complejo Citrobacter freundii
C 파워포인트 2013 무료. farmeri SI 5 Diferenciar de C. amalonaticus (sacarosa y melibiosa: -)
C 꼭두각시 서커스 다운로드. freundii SI 7 Complejo Citrobacter freundii
C company saga. guillernii SI 3 Complejo Citrobacter freundii
C Fishlet. koseri SI 10 C. koseri
C. murliniae SI 1 Complejo Citrobacter freundii
C Download Mario Kart nds. rodentium SI 4 Complejo Citrobacter freundii
C. sedlackii SI 8 Complejo Citrobacter freundii
C. werkmanii NO   Complejo Citrobacter freundii
C. youngae SI 1 Complejo Citrobacter freundii

 

Referencias:

  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015. doi: 10.1128/9781555817381.
  • SITIO WEB: www.bacterio.net