Autor: Florencia Rocca

Staphylococcus

Se sugiere utilizar un método de extracción directa (con 1 μl de ácido fórmico al 70 %) y considerar los siguientes valores de corte:

SCORE ≥1,7= identificación correcta a nivel de especie
SCORE 1,5-1,7= identificación correcta a nivel de género
SCORE <1,5= identificación no confiable

 

Tabla 114. Especies de Staphylococcus spp. incluidas en la Base de Datos Biotyper software 3.1 (Bruker Daltonics)

ID por MALDI TOF Presencia en  BD Nro de MSPs en BD  

INFORMAR

  

Observaciones

 Referencias
 

S. chromogenes

  

SI

  

1

  

SI

  

Aislado de animales de pezuñas hendidas o partidas (artiodáctilos): ovejas, cabras, venados, camellos, ganado vacuno y cerdos). Produce mastitis bovina.
S. arlettae SI 3 SI (habitualmente se obtiene ID no confiable, independientemente del score usado) Especie de ECN  Novobiocina R aislada de animales Han et al. 2015; Ayeni et al. 2017
S. aureus SI 14 SI
S. auricularis SI 6 SI Identificación solo a nivel de género Han et al. 2015
S. capitis ssp capitis SI 6 SI Discrimina a nivel de subespecie Zhu et al. 2015
S. capitis ssp ureolyticus SI 1 SI Discrimina a nivel de subespecie Zhu et al. 2015
S. caprae SI 8 SI Especie aislada de leche de cabra. Patógeno emergente en infecciones humanas (osteoarticulares, endocarditis, etc) Seng et al. 2014;

Kwok et al Download Maliflower mp3. 2016
S. carnosus ssp carnosus SI 1 SI (por lo menos a nivel de especie) Los distintos trabajos no especifican si discrimina a nivel de subespecie
S. carnosus ssp utilis SI 2 SI (por lo menos a nivel de especie) Los distintos trabajos no especifican si discrimina a nivel de subespecie
S. cohnii ssp cohnii SI 4 SI Discrimina a nivel de subespecie.

Especie de ECN  Novobiocina R

 Zhu et al. 2015
S. cohnii ssp urealyticus SI 2 SI Discrimina a nivel de subespecie.

Especie de ECN  Novobiocina R

 Zhu et al. 2015
S. condimenti SI 2 SI Aislado de muestras de alimentos (salsa de soja). También aislado de infecciones humanas (bacteriemia asociada a catéter) Misawa at al. 2014
S. delphini SI 19 SI Especie coagulasa positiva, aislada de delfines y de caballos. Forma parte del grupo S. intermedius (SIG) junto con S. intermedius y S. pseudointermedius Han et al. 2015;

Silva et al. 2015;

Decristophoris et al. 2011
S. epidermidis SI 10 SI
S. equorum SI 4 SI Especie de ECN  Novobiocina R aislada de animales
S Download Fossil Fighter. felis SI 8 SI Especie aislada de muestras clínicas de gatos
S. fleurettii SI 1 Da scores bajos Usando >2 (para especie) solo discrimina a nivel de género.

Usando >1,7 (para especie) ID incorrecta como S. sciuri. Especie Novobiocina Resistente

 Han et al. 2015
S. gallinarum SI 5 ND Especie de ECN Novobiocina R aislado de animales
S. haemolyticus SI 12 SI
S. hominis ssp hominis SI 6 SI Discrimina a nivel de subespecie Zhu et al. 2015
S. hominis ssp novobiosepticus SI 1 SI Discrimina a nivel de subespecie.  Novobiocina R Zhu 2015
S. hyicus SI 2 SI Especie coagulasa variable aislada de cerdos
S. intermedius SI 12 SI ID correcta a nivel de especie, independientemente el score usado. Especie coagulasa positiva, aislada de palomas. Forma parte del grupo S. intermedius (SIG) junto con S. delphini y S. pseudointermedius Han et al Download the gba emulation. 2015;

Silva et al. 2015;

Decristophoris et al. 2011
S. kloosii SI 4 SI Especie de ECN Novobiocina R aislada de animales
S. lentus SI 9 SI Ex Staphylococcus sciuri ssp lentus. Especie de ECN Novobiocina R
S. lugdunensis SI 7 SI
S. lutrae SI 6 SI Especie coagulasa positiva aislada de nutrias
S. microti SI 4 ND Especie aislada de Microtus arvalis (una especie de roedor de la familia Cricetidae ampliamente distribuido por Europa y algunas zonas de Asia). Especie Novobiocina R
S. muscae SI 1 SI Especie aislada de moscas
S. nepalensis SI 5 SI Especie aislada de  cabras del Himalaya. Novobiocina R

 
S. pasteuri SI 8 SI Especie aislada de muestras humanas, animales y alimentos. Su nombre es en honor al microbiólogo francés Louis Pasteur por su contribución en 1878 al reconocimiento de estafilococos como agentes patógenos y también al instituto de investigación Instituto Pasteur, París, Francia, donde se caracterizó la nueva especie
S. pettenkoferi SI 6 SI Especie de ECN aislada de muestras humanas Trulzsch et al. 2002
S. piscifermentans SI 2 SI Especie de ECN aislada de pescado fermentado en Tailandia  

Tanasupawat et al. 1992
S. pseudointermedius SI 5 NO (Solo informar como grupo Staphylococcus intermedius): SIG ID incorrecta como S. intermedius independientemente del score usado.

Especie coagulasa positiva, aislada de perros y gatos domésticos. Forma parte del grupo S. intermedius (SIG) junto con S. intermedius y S. delphini

 Han et al. 2015;

Silva et al. 2015;

Murugaiyan et al. 2014;

Devriese  et al. 2005
S. saccharolyticus SI 5 SI Especie anaerobia de Staphylococcus. Anteriormente clasificado como  Peptococcus saccharolyticus Young et al. 2017
S. saprophyticus ssp bovis SI 1 SI (por lo menos a nivel de especie) Los trabajos  no especifican si discrimina a nivel de subsp. Esta subsp es de aislamiento animal (fosas nasales bovinas). Novobiocina R
S. saprophyticus ssp saprophyticus SI 9 SI (por lo menos a nivel de especie) Los trabajos no especifican si discrimina a nivel de subespecie. Novobiocina R
S. schleiferi ssp coagulans SI 3 SI Especie coagulasa positiva
S. schleiferi ssp schleiferi SI 4 SI
S. sciuri ssp carnaticus SI 2 SI (por lo menos a nivel de especie) Novobiocina R.

Los trabajos no especifican si discrimina a nivel de subsp.
S. sciuri ssp rodentium SI 2 SI (por lo menos a nivel de especie) Novobiocina R.

Los trabajos no especifican si discrimina a nivel de subsp
S. sciuri ssp sciuri SI 4 SI Novobiocina R.
S. simiae SI 4 SI Especie aislada de monos ardilla de América del Sur
S. simulans SI 9 SI Denominado como tal por su similitud con ciertas especies de estafilococos coagulasa positiva (incluyendo S. aureus)
S. succinus ssp casei SI 1 SI (por lo menos a nivel de especie) Los trabajos no especifican si discrimina a nivel de subsp. Especie aislada de la  superficie del queso madurado. Novobiocina R.
S. succinus ssp succinus SI 1 SI (por lo menos a nivel de especie) Los trabajos no especifican si discrimina a nivel de subsp. Especie Novobiocina R, aislada de ámbar dominicano.
S. vitulinus SI 6 SI Nombre actual de S. pulvereri.

Novobiocina R.

 Švec et al. 2004
S. warneri SI 7 SI Su nombre es en honor a Arthur Warner, quien originalmente  aisló este microorganismo.
S. xylosus SI 7 SI Novobiocina R

 

 

 

 

Especies de Staphylococcus spp. NO incluidas en la Base de Datos de Bruker:

1) De aislamiento animal o del ambiente:

Staphylococcus agnetis (Taponen et al. 2012, sp. nov.). Especie coagulasa variable aislada de leche bovina.

Staphylococcus argensis (Heβ and Gallert 2015, sp. nov.)

Staphylococcus caseolyticus (ex Evans 1916) Schleifer et al. 1982, nom. rev., comb. nov. (Actualmente: Macrococcus caseolyticus (Schleifer et al. 1982) Kloos et al. 1998, comb. nov.)

Staphylococcus edaphicus (Pantůček et al. 2018, sp. nov.)

Staphylococcus rostri (Riesen and Perreten 2010, sp. nov.). Aislado de las narinas de cerdos sanos (Riesen et al., 2010).

Staphylococcus schweitzeri (Tong et al. 2015, sp. nov.). Forma parte del complejo Staphylococcus aureus pero se lo ha aislado de primates NO humanos (Tong et al., 2015)

Staphylococcus stepanovicii (Hauschild et al. 2012, sp. nov.). Especie Novobiocina R y Oxidasa positiva aislada de ciertos pequeños mamíferos salvajes (Hauschild et al., 2010).

 

2) De aislamiento humano:

Staphylococcus argenteus (Tong et al. 2015, sp. nov.) Es una especie del complejo Staphylococcus aureus, patógeno emergente en infecciones osteoarticulares, identificado por MALDI-TOF con valores de score de 1,39 a 1,87 como S. aureus, S. simiae o S. epidermidis (Rigaill et al., 2017)

Staphylococcus jettensis (De Bel et al. 2013, sp. nov.).

Staphylococcus massiliensis (Al Masalma et al. 2010, sp. nov.) Aislado de absceso de cerebro (Al Masalma et al., 2010).

Staphylococcus petrasii (Pantůček et al. 2013, sp. nov.) Aislado de infecciones óticas (Pantucek et al., 2013).

 

Referencias:

  • Al Masalma M, Raoult D, Roux  V. Staphylococcus massiliensis sp. nov., isolated from a human brain abscess. Int J Syst Evol Microbiol 2010;60(5):1066-1072. doi: 10.1099/ijs.0.006486-0.
  • Ayeni FA, Andersen C, Nørskov-Lauritsen N. Comparison of growth on mannitol salt agar, matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, VITEK® 2 with partial sequencing of 16S rRNA gene for identification of coagulase-negative staphylococci. Microb Pathog 2017;105:255-259. doi: 10.1016/j.micpath.2017.02.034.
  • Decristophoris P, Fasola A, Benagli C, Tonolla M, Petrini O. Identification of Staphylococcus intermedius Group by MALDI-TOF MS. Syst Appl Microbiol 2011;34(1):45-51. doi: 10.1016/j.syapm.2010.
  • Devriese LA, Vancanneyt  M, Baele M, Vaneechoutte M, De Graef  E, Snauwaert  C, Cleenwerck I, Dawyndt P, Swings  J, Decostere A, Haesebrouck F. Staphylococcus pseudintermedius sp. nov., a coagulase-positive species from animals. Int J Syst Evol Microbiol 2005;55(4):1569-1573. doi: 10.1099/ijs.0.63413-0.
  • Han HW, Chang HC, Hunag AH, Chang TC. Optimization of the score cutoff value for routine identification of Staphylococcus species by matrix-assisted laser desorption ionization-time-of-flight mass spectrometry. Diagn Microbiol Infect Dis 2015;83:349-54. doi: 10.1016/j.diagmicrobio.2015.08.003.
  • Hauschild T, Stepanović  S, Zakrzewska-Czerwińska J. Staphylococcus stepanovicii sp. nov., a novel novobiocin-resistant oxidase-positive staphylococcal species isolated from wild small mammals. Syst Appl Microbiol 2010;33(4):183-187. doi: 10.1016/j.syapm.2010.03.004.
  • Kwok TC, Poyner J, Olson E, Henriksen P, Koch O. Staphylococcus caprae native mitral valve infective endocarditis. JMM Case Rep 2016;3(5):e005065.  doi: 10.1099/jmmcr.0.005065.
  • Misawa Y, Yoshida A, Okugawa S, Moriya K. First reported case of Staphylococcus condimenti infection associated with catheter-related bacteraemia. New Microbes New Infect 2014;3:18-20. doi: 10.1016/j.nmni.2014.10.002.
  • Murugaiyan J, Walther B, Stamm I, Abou-Elnaga Y, Brueggemann-Schwarze S, Vincze S, Wieler LH, Lübke-Becker A, Semmler T, Roesler U. Species differentiation within the Staphylococcus intermedius group using a refined MALDI-TOF MS database. Clin Microbiol Infect 2014;20(10):1007-15. doi: 10.1111/1469-0691.12662.
  • Pantůček R, Švec P, Dajcs JJ, Machová I, Černohlávková J, Šedo O, Gelbíčová T, Mašlaňová I, Doškař J, Zdráhal Z, Růžičková V, Sedláček I. Staphylococcus petrasii  sp. nov. including S. petrasii subsp. petrasii subsp. nov. and S. petrasii subsp. croceilyticus subsp. nov., isolated from human clinical specimens and human ear infections. Syst Appl Microbiol 2013;36(2):90-95. doi: 10.1016/j.syapm.2012.11.004.
  • Richter C, Hollstein S, Woloszyn J, Kaase M, Gatermann SG, Szabados F. Evaluation of species-specific score cut-off values for various Staphylococcus species using a MALDI Biotyper-based identification. J Med Microbiol 2012;61(10):1409-16. doi: 10.1099/jmm.0.042606-0.
  • Riesen  A,  Perreten V. Staphylococcus rostri sp. nov., a haemolytic bacterium isolated from the noses of healthy pigs. Int J Syst Evol Microbiol 2010;60(9):2042-2047. doi: 10.1099/ijs.0.012443-0.
  • Rigaill J, Grattard F, Grange S, Forest F, Haddad E, Carricajo A, Tristan A, Laurent F, Botelho-Nevers E, Verhoeven PO. Community-Acquired Staphylococcus argenteus Sequence Type 2250 Bone and Joint Infection, France, 2017. Emerg Infect Dis 2018;24(10):1958-1961. doi: 10.3201/eid2410.180727.
  • Seng P, Barbe M, Pinelli PO, Gouriet F, Drancourt M, Minebois A, Cellier N, Lechiche C, Asencio G, Lavigne JP, Sotto A, Stein A. Staphylococcus caprae bone and joint infections: a re-emerging infection? Clin Microbiol Infect 2014;20(12):O1052-8. doi: 10.1111/1469-0691.12743.
  • Silva MB, Ferreira FA, Garcia LN, Silva-Carvalho MC, Botelho LA, Figueiredo AM, Vieira-da-Motta O. An evaluation of matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry for the identification of Staphylococcus pseudintermedius isolates from canine infections. J Vet Diagn Invest 2015;27(2):231-5. doi: 10.1177/1040638715573297.
  • Švec  P, Vancanneyt  M, Sedláček  I, Engelbeen  K, Štetina V, Swings J, Petráš  P. Reclassification of Staphylococcus pulvereri Zakrzewska-Czerwińska et al. 1995 as a later synonym of Staphylococcus vitulinus Webster et al. 1994. Int J Syst Evol Microbiol 2004;54(6):2213-2215. doi: 10.1099/ijs.0.63080-0.
  • Tanasupawat S, Hashimoto  Y, Ezaki T, Kozaki M, Komagata K. Staphylococcus piscifermentans sp. nov., from fermented fish in Thailand. Int J Syst Bacteriol 1992;42(4):577-581. doi: 10.1099/00207713-42-4-577.
  • Tong SY, Schaumburg F, Ellington MJ, Corander J, Pichon B, Leendertz F, Bentley SD, Parkhill J, Holt DC, Peters G, Giffard PM.  Novel staphylococcal species that form part of a Staphylococcus aureus-related complex: the non-pigmented Staphylococcus argenteus sp. nov. and the non-human primate-associated Staphylococcus schweitzeri sp. nov. Int J Syst Evol Microbiol 2015;65(1):15-22. doi: 10.1099/ijs.0.062752-0.
  • Trulzsch K, Rinder H, Trcek J, Bader L, Wilhelm U, Heesemann J. «Staphylococcus pettenkoferi,» a novel staphylococcal species isolated from clinical specimens. Diagn Microbiol Infect. Dis 2002;43(3):175-82.
  • Young N, Bhally H. Bilateral Neck Pyomyositis Caused by Staphylococcus capitis and Staphylococcus saccharolyticus in a Diabetic Adult. Case Rep Infect Dis 2017;2017:3713212. https://doi.org/10.1155/2017/3713212.
  • Zhu W, Sieradzki K, Albrecht V, McAllister S, Lin W, Stuchlik O, Limbago B, Pohl J, Kamile Rasheed J. Evaluation of the Biotyper MALDI-TOF MS system for identification of Staphylococcus species. J Microbiol Methods 2015;117:14-7. doi: 10.1016/j.mimet.2015.07.014.

 

 

 

Sphingomonas

En evaluación.

 

Hasta el momento se sugiere informar a nivel de género a partir de score > 1,7.

  1. paucimobilis es un bacilo gram negativo polimórfico, aerobio estricto, oxidasa positiva débil y catalasa positiva. Las colonias crecen en agar sangre pero no en agar MacConkey, y producen pigmento amarillo. Aunque posee un único flagelo polar, un bajo porcentaje de células son activamente móviles, y la motilidad puede ser difícil de demostrar en el laboratorio (de ahí el nombre paucimobilis) 울릉도 l. Sphingomonas puede ser erróneamente identificado por sistemas convencionales de identificación, pero suele ser correctamente identificado por MALDI-TOF.

MALDI-TOF no logra la identificación de Sphingomonas oligophenolica.

Se recomienda consultar el Anexo para la identificación microbiológica mediante pruebas fenotípicas 이퀄라이저.

 

 

 

Tabla 111. Traducción de especies de Sphingomonas spp.

Especie Presencia en BD Nro de MSPs en BD
S audio device. abaci SI 1
S. adhaesiva SI 1
S. aerolata SI 1
S. aquatilis SI 2
S Download the inspector general's book. asaccharolytica SI 1
S. aurantiaca SI 3
S. azotifigens SI 1
S. desiccabilis SI 1
S Download Warcraft 1. dokdonensis SI 1
S. echinoides SI 4
S. faeni SI 1
S. haloaromaticamans SI 1
S Apink five. koreensis SI 2
S. leidyi SI 3
S. mali SI 1
S. melonis SI 1
S diablo 2 client. molluscorum SI 1
S. mucosissima SI 2
S. panni SI 1
S. parapaucimobilis SI 1
S 마미손 소년점프 음원 다운로드. paucimobilis SI 10
S. phyllosphaerae SI 1
S. pituitasa SI 1
S. pruni SI 1
S Download Harry Potter and the FireCup. pseudosanguinis SI 2
S. sanguinis SI 2
S. soli SI 1
Sphingomonas sp. SI 7
S 무한 계단. trueperi SI 2
S. wittichii SI 2
S. yabuuchiae SI 2
S. yunnanensis SI 1

 

Referencias:

  • Manual de “Identificación de Bacilos Gram Negativos No Fermentadores de importancia clínica”. Servicio Bacteriología Especial, Departamento Bacteriología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Anlis – “Dr. Carlos G. Malbrán”, Buenos Aires, Argentina.
  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015. doi: 10.1128/9781555817381.
  • Risch M, Radjenovic D, Han JN, Wydler M, Nydegger U, Risch L. Comparison of MALDI TOF with conventional identification of clinically relevant bacteria. Swiss Med Wkly 2010;140:w13095. doi: 10.4414/smw.2010.13095.

Sphingobacterium

En evaluación.

 

Hasta el momento, se recomienda aplicar los criterios recomendados por el fabricante:

SCORE ≥ 2,00 =  identificación a nivel de especie

SCORE 1,7-1,99 = identificación a nivel de género

SCORE < 1,70 = no identifica

Se sugiere consultar el Anexo para la identificación microbiológica mediante pruebas fenotípicas ebs sympathetic.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Tabla 110 지오 지브라. Traducción de especies de Sphingobacterium spp.

Especie Presencia en BD Nro de MSPs en BD
S 지도 구글. daejeonense SI 1
S. faecium SI 1
S 버쳐박스 다운로드. mizutaii SI 1
S. multivorum SI 4
S 후토스. spiritivorum SI 8
S. thalpophilum SI 1

 

Referencias:

  • Curso teórico-práctico “Identificación de Bacilos Gram Negativos No Fermentadores de importancia clínica” Download the Eichmann Show. Servicio Bacteriología Especial, Departamento Bacteriología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Anlis – “Dr. Carlos G. Malbrán”, Buenos Aires, Argentina Download osx Mavericks.
  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015 오디널 스케일. doi: 10.1128/9781555817381.

 

Shewanella

Se recomienda informar a nivel de género a partir de score > 1,7.

Shewanella spp. es el único género de los BGNNF que produce ácido sulfhídrico en el TSI cmd ftp 다운로드.

 

Shewanella algae puede ser erróneamente identificada como Shewanella putrefaciens.

Aclaración: S 모닝 스페셜 다운로드. algae, representa la mayoría de los aislamientos humanos y S. putrefaciens representa la mayoría de los aislamientos no humanos.

 

Tabla 108 태블릿 윈도우. Pruebas bioquímicas para diferenciar especies de Shewanella spp.

 Especie Pigmento Desarrollo en NaCl 6.5% OF Fructosa OF Sacarosa OF Maltosa Desarrollo en SS
S 다운로드. algae Tostado + – – – +
S 파파고 pc. putrefaciens Tostado – V + + –

Símbolos: V, variable 장난스런키스.

 

La completa diferenciación de las especies del género se realiza mediante secuenciación de dianas genéticas específicas tales como: 16S ARNr, 16S-23S, 23S ARNr, gyrB, rpoB, recA 3.55 Download the Firm.

 

Tabla 109. Traducción de especies de Shewanella spp.

Especie Presencia en BD Nro de MSPs en BD
S 귀여운 ppt 템플릿 무료 다운로드. algae SI 1
S. baltica SI 1
S 미스터 션샤인 23. fetalis SI 1
S. fidelis SI 1
S 함대컬렉션. frigidimarina SI 1
S. profunda SI 1
S. putrefaciens SI 4

 

Referencias:

  • Manual de “Identificación de Bacilos Gram Negativos No Fermentadores de importancia clínica”. Servicio Bacteriología Especial, Departamento Bacteriología, Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Anlis – “Dr. Carlos G. Malbrán”, Buenos Aires, Argentina.
  • Jorgensen JH, Pfaller MA, Carroll KC, Funke G, Landry ML, Richter SS, Warnock DW. Manual of Clinical Microbiology, 11th edition. ASM Press, Washington, DC, 2015. doi: 10.1128/9781555817381.