as especies de Nocardia suelen considerarse ambientales, pero algunas pueden causar enfemedad en el humano, sobre todo en pacientes inmunocomprometidos.
Se recomienda aplicar los criterios recomendados por el fabricante:
SCORE ≥ 2,00 = identificación a nivel de especie
SCORE 1,7-1,99 = identificación a nivel de género
SCORE < 1,70 = no identifica
Debido a la compleja taxonomía del género, actualmente la identificación de referencia se realiza mediante secuenciación de varias dianas genéticas, tales como 16S ARNr y genes secA, hsp65, gyrB y rpoB (que suelen utilizarse incluso concatenadas).
La mayoría de las no identificaciones en MALDI-TOF ocurren por la dificultad para generar espectros de calidad que puedan ser comparados con los perfiles de referencia, y esto se debe fundamentalmente a la compleja composición química de su pared celular.
Se evaluaron los métodos de extracción recomendados por los fabricantes, y se evidenció que no son necesarios procedimientos complejos si se optimizan las condiciones al momento de la siembra, realizando simples pasos previos de extracción sobre colonias frescas.
Se obtienen resultados reproducibles al realizar la siembra por el método directo y con la disrupción en el pocillo con una gota de ácido fórmico Call of Duty 1. De no obtenerse el resultado esperado, se puede realizar la técnica de extracción EFAE Bruker.
En general, los resultados demostraron que MALDI-TOF es eficaz para la identificación de especies de Actinomicetales, pero la suplementación con espectros personalizados, puede producir mejoras sustanciales en el rendimiento de las BD comerciales actuales.
Se encuentra en etapa de desarrollo una base de datos suplementaria con perfiles de referencia de cepas locales completamente caracterizadas por los LNR.
MALDI-TOF identifica correctamente a nivel de especie Nocardia brasiliensis, Nocardia farcinica, Nocardia cyriacigeorgica; las mismas corresponden a especies generalmente multirresistentes.
El resto de las Nocardias se recomienda que sean informadas a nivel de género o complejo, tal es el caso de N. exalbida/gankensis/arthritidis y los complejos N. transvalensis y N. nova.
Tabla 81 anki word sheet. Traducción de especies de Nocardia spp.
| Especie | |
| N. abscessus | Si score ≥2 con base CDC Microbenet Informar: N. abscessus (esta especie está filogenéticamente muy relacionada con N. arthritidis, N. asiatica y N. exalbida)
Si sólo ID Bruker ≥2 y no CDC, informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. abscessus). Confirmar con WGS |
| N. africana | Informar Complejo N. nova |
| N. amikacinitolerans | Si score ≥2 y top 10 informar especie. Si no, Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 |
| N Download SparrowTalk. anaemiae | Si score ≥2 y top 10 con score ≥ 2 informar especie pero marcar para confirmar por genómica. Sino, informar Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 |
| N. aobensis | Si score ≥2 y top 10 con score ≥ 2 informar especie. Si no, Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 |
| N. araoensis | Si score Si score ≥2 Informar: N.araoensis (esta especie está filogenéticamente muy relacionada de N. beijingensis, N. sputi, N. sputorum y N. niwae). Confirmar por WGS |
| N. arizonensis | Si score ≥2 y top 10 con score ≥ 2 informar especie pero marcar para confirmar por genómica. Sino, informar Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 |
| N. arthritidis | Si score ≥2 con base CDC Microbenet Informar: N Download malicious apps. arthritidis (esta especie está filogenéticamente muy relacionada con N. exalbida)
Si sólo ID bruker ≥2 y no CDC, informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. arthritidis) |
| N. asiatica | Si score ≥2 con base CDC Microbenet Informar: N. asiática Si sólo ID bruker ≥2 y no CDC, informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. asiatica) |
| N. asteroides | Si score ≥2 y top 10 con score ≥ 2 informar especie. Sino, Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 |
| N. barduliensis | No está en la base de datos |
| N. beijingensis | No está en la base de datos |
| N 윈도우 순정. blacklockiae | Informar Complejo N. transvalensis |
| N. brasiliensis | Informar especie |
| N. brevicatena | Si score ≥2 informar N. brevicatena/paucivorans |
| N. carnea | Si score ≥2 y top 10 con score ≥ 2 informar especie. Si no, Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 con score 1.8-2). Confirmar con 16S completo |
| N. colli | No está en la base de datos |
| N. cyriacigeorgica | Si score ≥ 1.8 y top 10 la misma especie, informar N. cyriacigeorgica. Si hay más de una especie, informar Nocardia sp. (especies más relacionadas: ….) |
| N Windows 10 Goklin. donostiensis | Si score ≥2 y top 10 con score ≥ 2 informar especie. Sino, Nocardia sp, especies más relacionadas: las primeras del top 10 con score 1.8-2). Confirmar con WGS |
| N. elegans | Informar Complejo N. nova |
| N. exalbida | Si score ≥2 con base CDC, informar N. exalbida, especie muy relacionada a N. arthritidis y N. gamkensis. Si score menor a 2, Nocardia sp. y confirmar con sec A |
| N. gipuzkoensis | No está en la base de datos |
| N. farcinica | Si score >1.8 y top 10 la misma especie, informar Complejo N. farcinica |
| N Uncle J. Levitt downloaded. higoensis | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. higoensis) y confirmar ID por WGS |
| N. huaxiensis | No está en la base de datos |
| N. ignorata | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. ignorata) y confirmar ID por WGS |
| N. inohanensis | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. inohanensis) y confirmar ID por WGS |
| N. kroppenstedtii | Informar Complejo N. farcinica |
| N. kruczakiae | Informar Complejo N. nova |
| N Download the police department. mexicana | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. inohanensis) y confirmar ID por WGS |
| N. mikamii | No está en la base de datos |
| N. niigatensis | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. niigatensis) y confirmar ID por WGS |
| N. ninae | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. ninae) y confirmar ID por WGS |
| N. niwae | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. niwae. Esta especie es difícil de diferenciar de N.araoensis, N. beijingensis, N. sputi, N. sputorum Confirmar ID por WGS |
| N Download power queries. nova | Informar Complejo N. nova |
| N. otitidiscaviarum | Si score >2 y top 10 con score ≥ 2 , informar especie |
| N. paucivorans | Si score ≥2 informar N. brevicatena/paucivorans |
| N. pseudobrasiliensis | Si score >2 y hay discriminación >10% con otra especie, informar especie pero controlar perfil de sensibilidad (IT5) |
| N. pneumoniae | No está en base de datos |
| N. pulmonis | No está en base de datos |
| N. puris | Si score >2 y top 10 con score ≥ 2 misma especie, informar N. puris |
| N. shinanonensis | No está en base de datos |
| N. sienata | Si score > 2 informar N Download nexus files. testaceae/N. sienata |
| N. sputi | No está en base de datos |
| N. sputorum | Si score >2 Informar Nocardia sp. (especie más relacionada N. sputorum. Esta especie es difícil de diferenciar de N.araoensis, N. niwae, N. beijingensis, N. sputi, Confirmar ID por WGS |
| N. testaceae | Si score > 2 informar N. testaceae/N. sienata |
| N. terpenica | Informar Nocardia sp. y confirmar por WGS |
| N. thailandica | Informar Nocardia sp. y confirmar por WGS |
| N. transvalensis | Informar Complejo N. transvalensis |
| N. vermiculata | Informar Nocardia sp. y confirmar por WGS |
| N. veterana | Informar Complejo N. nova |
| N. vinacea | Informar Nocardia sp. y confirmar por WGS |
| N. vulneris | Informar Complejo N. brasiliensis |
| N. yamanashiensis | No está en base de datos |
| N. wallacei | Informar Complejo N. transvalensis |